Perpustakaan Kota Yogyakarta terletak di kota pendidikan sehingga inovasi-inovasi berbasis teknologi harus terus dikembangkan. POPI (Pojok Lipi) adalah inovasi untuk menyebarluaskan informasi hasil penelitian, kajian, dan eksplorasi tentang ilmu pengetahuan, dan teknologi tepat guna bagi masyarakat sebagai informasi pembelajaran. Persiapan koleksi dan layanan POPI mulai dirintis dari Tahun 2013 dan mulai dilayankan secara penuh pada awal Tahun 2017.

inovasi Gerakan Orangtua Sahabat Ramaja (Go Sahaja) merupakan intervensi kurangnya komunikasi antara orang tua dan anak khususnya anak remaja yang berakibat terjadi permasalahan seperti adanya kematian ibu dan anak, resiko anak mengalami stunting, dan rendahnya kualitas anak yang dihasilkan dari remaja yang mengalami kehamilan yang tidak dikehendaki, serta perceraian dini.

sebuah gagasan sederhana untuk merubah konsep lama dari Perpustakaan ke konsep baru menjadi tempat untuk membaca , dimana tempat yang disediakan ditempat/ruang terbuka, sehingga siapa saja baik itu warga masyarakat maupun ASN, karyawan yang berada di lingkungan Kantor Kecamatan Gondokusuman dapat memanfaatkannya. Warga masyarakat baik yang meminta pengurusan pelayanan, atauapun hanya sekedar mengantar, warga yang akan mengikuti kegiatan/acara di kecamatan, juga rekan-rekan ASN, karyawan yang setiap pagi harus mengikuti apel sembari menunggu dapat membaca buku-buku yang telah disediakan, sesuai dengan motto yang kami yaitu " Gunakan waktu menunggu untuk membaca" , sehingga dapat mengurangi orang bergosip, menunggu tidak akan terasa lama, sebab pembaharuan yang dilaksanakan menerapkan konsep swalayan , tidak meminjamkan dan hanya dapat membaca ditempat.

Satu Data Untuk Semua adalah inovasi pemanfaatan data kependudukan untuk kepentingan semua OPD di lingkungan Pemerintah Kota Yogyakarta. Pelaksanaan pemanfaatan data kependudukan melalui kerjasama  OPD dengan Dindukcapil untuk dapat mengakses data kependudukan. Pemanfaatan data ini sesuai amanah dari pasal Pasal 58 ayat (4) Data kependudukan sebagaimana dimaksud pada ayat (1), ayat (2) dan ayat (3) yang digunakan untuk semua keperluan adalah Data Kependudukan dari Kementerian yang bertanggung jawab dalam urusan pemerintahan dalam negeri, antara lain untuk pemanfaatan: Pelayanan publik; Perencanaan pembangunan; Alokasi anggaran; Pembangunan demokrasi; Penegakan hukum dan pencegahan kriminal Keunggulan dari kerjasama pemanfaatan data kependudukan adalah:OPD dapat mengakses langsung data kependudukan sesuai kepentingannya;Memperlancar layanan publik sesuai tugas pokok fungsinya;Mendukung perencanaan pembangunan;Mendukung alokasi anggaran.Mekanisme layananPenandatanganan kerjasama Dindukcapil dengan OPDPengajuan hak aksesPemberian hak aksesBimbingan teknisPemanfaatan data kependudukan oleh OPD

Dinas Sosial Kota Yogyakarta sebagai salah satu Organisasi Perangkat Daerah (OPD) pada Pemerintah Kota Yogyakarta mempunyai inisiatif untuk menciptakan suatu jenis layanan guna meringankan beban warga Kota Yogyakarta yang mengalami musibah karena meninggalnya anggota keluarga. Jenis layanan ini adalah berupa Mobil Jenazah Gratis yang diperuntukkan khusus bagi masyarakat dan Pegawai Pemerintah Kota Yogyakarta. Sejak tahun 2019, pelayanan tersebut dapat diakses melalui aplikasi yang terintegrasi melalui aplikasi JSS. Harapannya dengan akses yang semakin mudah dan cepat, dapat memudahkan masyarakat dapat mengakses mobil jenazah secara gratis.