Inovasi klinik konsultasi dibuat dalam rangka upaya mewujudkan reformasi birokrasi degan melakukan penguatan pengawasan dengan meningkatkan kapasitas, peran dan layanan APIP yang salah satunya memberikan deteksi dini dan peringatan terhadap potensi penyimpangan dan konsultasi dalam perspektif pengawasan serta dalam rangka mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik dan bersih di lingkungan Pemerintah Kota Yogyakarta. Klinik Konsultasi telah digagas mulai tahun 2016 Berdasarkan Peraturan Walikota Yogyakarta Nomor tahun 2016, akan tetapi dalam rangka untuk memberikan kemudahan layanan konsultasi pada tahun 2021 dikembangkan dengan melalui media elektronik dengan pemanfaatan Web Inspektorat sebagai media menyampaikan konsultasi.